关联企业业务往来利润的处理需要遵循公允原则，在核算利润时需要将关联企业交易的收入、成本、费用和利润计入报表。通常采用标准成本法或市场价值法计算成本，避免利用关联企业转移利润的行为，确保利润分配合理、公正。

此外，还应该加强报告披露，如相关资料、报表、说明等，确保利益相关方能够准确了解关联企业间的业务往来及利润分配情况。